L'application de la partie II du Code canadien du travail se fait au moyen d'une série de mesures punitives, dont le degré de sévérité dépend de la gravité de l'infraction et de la coopération du milieu de travail en cause.
La Promesse de conformité volontaire (PCV) est habituellement le premier niveau d'obligation. Il s'agit d'un engagement, écrit et signé, de l'employeur ou de l'employé envers un agent de santé et de sécurité du Programme du travail. L'employeur ou l'employé s'engage à corriger les infractions décrites dans la PCV et à transmettre à l'agent une confirmation écrite selon laquelle la situation a été corrigée à une date fixée. Toutefois, on ne fait jamais appel à une PCV pour corriger une situation jugée dangereuse.
Une instruction est un avis écrit officiel ordonnant à un employeur ou à un employé de mettre fin à une infraction au Code ou de la corriger dans un certain délai. Un agent de santé et de sécurité du Programme du travail doit donner une instruction si, au cours d'une enquête ou d'une inspection, l'agent détermine qu'il existe un « danger », ou si des mesures correctives spécifiées dans une PCV précédente n'ont pas été prises.
Des employeurs, des employés ou des syndicats peuvent interjeter appel. Cependant, l'appel n'a pas pour effet de suspendre la mise en œuvre de l'instruction, qui doit être exécutée jusqu'à ce qu'un agent d'appel ne l'annule.
Le Tribunal de santé et sécurité au travail Canada (anciennement le Bureau d'appel canadien) examine l'appel et a le pouvoir de confirmer, d'annuler ou de modifier l'instruction.
Si l'agent de santé et de sécurité du Programme du travail détermine qu'une infraction à la partie II du Code canadien du travail a été commise, des poursuites peuvent être engagées avec le consentement du ministre.
Les poursuites surviennent habituellement par suite d'une infraction grave ou lorsqu'une mesure corrective exigée dans le cadre d'une instruction n'a pas été prise.
Les accusations doivent être portées dans l'année suivant la date de l'infraction. La pénalité pour de telles infractions va de 100 000 $ à 1 000 000 $, assortie d'une peine maximale de deux ans d'emprisonnement.